Con el descendiente de María I, Jacobo (James) VI, empieza la unión dinástica con Inglaterra.Fue rey de Escocia como Jacobo VI desde 1567 (aunque Escocia fue gobernadas por cuatro regentes hasta su mayoría de edad) y rey de Inglaterra e Irlanda como Jacobo I desde 1603 hasta su muerte en 1625 (sucedió en el trono a Isabel I que murió sin descendencia).
Le sucedió en el trono su hijo, Carlos I, rey de Inglaterra, Escocia e Irlanda desde 1625 hasta su ejecución en 1649.Sus once años de tiranía y absolutismo en el trono inglés hizo que mantuviera relaciones muy tensas con el Parlamento, que pretendía controlar sus arbitrarias creaciones de impuestos y su reformismo religioso.
Durante este reinado se sucedieron dos guerras civiles inglesas entre los partidarios del rey y los del Parlamento desembocando en una sentencia de muerte por alta traición al Estado para el rey en 1649.
Gran parte de Escocia permaneció fiel al rey y en 1949 Carlos II, hijo de Carlos I, fue proclamado Rey de los Escoceses y coronado en 1651, tras lo cual organizó una ofensiva contra Inglaterra, entonces bajo el protectorado de Oliver Cromwell. La invasión terminó en derrota huyendo a Francia disfrazado de mujer.
Tras la muerte de Oliver Cromwell en 1658 le sucedió su hijo Richard como Lord Protector, pero se trataba de un hombre sin dotes para el mando y abdicó en 1659. El Protectorado de Inglaterra fue abolido y se estableció la Mancomunidad de Inglaterra.Durante el periodo de inestabilidad civil y militar que siguió, George Monck, gobernador de Escocia, preocupado por la anarquía reinante en la nación, forzó al Parlamento a disolverse, se convocaron elecciones generales y la Cámara de los Comunes resultante acordó restaurar la monarquía.
En 1660 El Parlamento proclamó rey de Inglaterra a Carlos II terminando así la República y restaurando la dinastía Estuardo.
Carlos II fue el primer católico romano que reinaba en Inglaterra desde la muerte de María I pues se convirtió al catolicismo en su lecho de muerte.
Reinó hasta su muerte en 1685 pero no tuvo descendientes legítimos que le sucedieran en el trono. Su hermano Jacobo II de Inglaterra e Irlanda, VII de Escocia reinó por un periodo corto de tiempo.